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Algumas das espécies de cetáceos são bastante vulneráveis a determinadas actividades humanas, designadamente à utilização de sonares em exercícios militares navais. De entre essas, salientam-se as baleias de bico (família Ziphiidae). Três indivíduos desta família, da espécie Ziphius cavirostris (zifío), deram à costa vivos no arquipélago da Madeira após exercícios militares navais da Nato, em Maio de 2000. De igual modo, ocorreram situações idênticas em outras áreas do globo, nomeadamente na Grécia (1998), nas Bahamas (2000) e em Canárias (2002 e 2004). O escasso conhecimento científico das baleias-de-bico torna particularmente importante a promoção de estudos que indiquem a sua distribuição, ocorrência ao longo do ano, estrutura populacional e habitats preferenciais (para alimentação, reprodução e criação). Com estes conhecimentos será possível uma melhor gestão e conservação destas espécies que se têm revelado muito vulneráveis a determinadas actividades humanas. Nos últimos anos começaram a ser observadas nas águas do nosso arquipélago espécies mais tropicais, como é o caso da baleia-de-Bryde (Balaenoptera brydei). Nesse sentido, e dado que é uma das espécies de baleias de barbas menos estudas no mundo, é alvo de estudo mais aprofundado no Projecto EMECETUS. Deste modo são alvo de estudo particular no Projecto EMECETUS, conjuntamente para o arquipélago da Madeira e das Canárias as seguintes espécies: Para o arquipélago das Canárias são também alvo de estudo, no corrente projecto, as seguintes espécies:
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Espécies Alvo do Projecto 